DNA、RNA和蛋白序列比对/综合分析和比对分析软件 Sequence Analysis & Alignmen Software|生物软件网

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序列比对综合分析

Geneious 8.0.3	序列综合分析软件；
MACAW 2.05	多序列构建与分析软件。
Clustal W 2.1	用来对核酸与蛋白序列进行多序列比对（multiple sequence alignment）的软件。
FASTA 36.3.6f	。将一条序列与另一条序列进行比较或在数据库中查找同源序列并输出。
BLAST+ 2.2.28	分成五个不同的程序，分别为：blastp(提交蛋白质序列，在蛋白质序列数据库中查序列)、blastn(提交核酸序列，在核酸序列数据库中查找同源序列) blastx(提交核酸序列，在蛋白质序列数据库中查找同源序列)、tblastn (提交蛋白质序列，在核酸序列数据库中查找同源序列)、tblastx(提交核酸序列，在核酸序列数据库中查找同源序列)。
SeqPup 0.9	SeqPup是生物分子序列编辑与分析软件。
K-Estimator 6.1v	当对两个核酸序列进行比对时，K-Estimator用来评估两者核苷酸替代数（趋异性），包括蛋白编码区与非蛋白编码区。
BioEdit 7.2.1	BioEdit是一个序列编辑器与分析工具软件。7.0.1中文汉化版。
DAMBE 5.3.48	综合性序列分析工具软件。
SeaView 4.4.2	图形化多序列比对编辑器。
Jalview 2.8	Jalview为用Java语言写的多序列比对编辑器。
DNASIS Max 3.0 Trail	综合性低级结构分析软件，包括DNA、RNA、蛋白质分析。
Genamics Expression 1.1 演示版	是一个DNA与蛋白序列分析工具。
Vector NTI Viewer 4.0.1	虽然只是一个载体查看软件，但其功能易用方便。
Jellyfish 3.3.1	这只水母不简单，可以用来进行DNA翻译，序列比对，限制酶消化，提交序列进行BLAST，研究项目管理等。
ProSeq 3.5	PROcessor of SEQuences的缩写，是一个核酸序列编辑与种群遗传学分析软件。
SMS 2	为Sequence Manipulation Suite的缩写，是DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具的集合。
Staden 2.0.0b9	Staden软件包是UNIX系统下的非常有名的综合序列装配、编辑、分析软件包，此为最新开发的WINDOWS版。
ISYS v1.35	NCGR(National Center for Genome Resources) 开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台ISYS。
PhyloGrapher（2003.4.3）	用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件。
Vector NTI Advance 11.5.2 Demo	综合性蛋白核酸分析工具包，非常有名。
SeWeR 3.0	基于WEB的常用序列分析工具集。
WinBlast v.0.2.0	免费的NCBI BLAST程序windows界面程序。
SeqVISTA 1.81	java语言编写的核酸或蛋白序列图像显示、比对软件。
GENOME EXPLORER 1.0b	Java语言编写的生物信息学综合工具软件。
PowerBlast 1.2.0	序列比较分析软件Blast的扩展软件，由作者华中农业大学张巨源授权提供。
JAligner 1.0	基于Smith-Waterman算法的序列比对软件，JAVA语言写成。
DNAMAN 8.0 Demo	多功能综合序列分析软件演示版，可免费使用一段时间。软件购买价格789美元。
CLC Sequence Viewer 7.5	免费的生物信息学综合软件。
MAFFT 7.205	多序列比对软件。
Exonerate 2.2	多序列比对软件。
Lalnview 3.0	双序列比对图形显示软件；
NeoBio 1.0 pre-alpha	序列比对java软件；
STRAP 20140609版	多序列比对交互软件
Mauve 2.3.1	基因组比对软件；
Laj 070222	用来处理、显示比对结果的软件；
YASS v1.14	本地序列比对工具软件。
Utopia 1.4.5	包括三维显示软件Ambrosia和比对结果显示软件cinema的软件；
MolQuest trial 2.4.5	生物信息学工具软件包；
GENtle 1.9.4	免费的DNA和蛋白序列编辑管理软件
Align-m v2.3	多序列比对软件
QAlign 2.10	多序列比对与编辑软件
seqtools v. 8.4.071	核酸蛋白序列编辑分析软件
CGViz 1.3.5	生物分子数据查看软件
BioSeqAnalyzer 1.0 demo	简单生物序列分析工具
Topali 2.5	多序列比对统计和进化分析软件
IGV 2.3.40	显示分析多种类型的遗传数据软件
EMBOSS 6.6.0	开放源代码的序列分析软件包
Biskit 2.4.0	结构生物信息学Python平台
geWorkbench 2.5.1	JAVA语言开发的生物信息学工作平台软件
SnS-Align	简单的结构和序列比对软件
UGENE 1.15	综合生物信息学工具软件
CHROMA 1.0	多序列比对注释软件
Recco 0.93	重组和突变相关比对分析软件
bioxm 2.6	用于DNA序列资料的常规分析软件
SEQWAN 2.0	序列分析工具blast+ 、muscle和blat图形界面程序
Sequlator 2013	免费多序列比对编辑器
ngKLAST 4.5	BLAST 工具软件
Chipster 3.6	高通量生物数据分析软件
	以上软件，除特别注明外，均在生物软件DVD光盘2中。