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蛋白质分析类

AnthePro 6.3.1	蛋白序列分析软件包。
PSAAM	蛋白质序列分析软件包。
MPEx 3.2	研究膜蛋白拓扑学结构和其它特性的JAVA软件。
Osprey 1.2.0	蛋白质相互作用网络可视化系统。
InterViewer 4.0	显示和分析蛋白交互作用软件。
Fiter 1.0	本免费中文软件可以对蛋白质的MALDI-TOF分析结果数据（其它数据作者未做测试）进行角蛋白、牛胰蛋白和猪胰蛋白自切峰的滤除，也可对自定义任意数据进行滤除。角蛋白、牛胰蛋白和猪胰蛋白自切峰由NCBA提供。
GPMAW 10.1 DEMO	蛋白质质谱与序列分析软件。
STORM 1.01	可以同时对蛋白序列进行BLAST/FASTA/Pfam/ProtParam分析软件。
PIVOT 2.0	显示蛋白交互作用图的JAVA软件。
PAT 0.9	JAVA语言写成的蛋白序列比对工具。
ProTag 1.4	Office软件的插件蛋白标签软件。
SubMito 1.1	蛋白质亚线粒体定位预测的软件。
PCS 1.3.5053	已鉴别蛋白序列残基片段覆盖率软件。
ProteoWizard 3.0.9134	蛋白质组学数据分析软件。
HBAT 1.1	蛋白序列氢键分析工具。
ProteinVis 2.1.6	人类基因组蛋白序列层次聚类(hierarchical clusterings)树显示软件。
ProCope 1.2	蛋白复合物预测评价软件。
PRIDE Converter 2.5.7	转换蛋白质谱数据为PRIDE XML格式软件。
PeptideShaker 1.1.3	蛋白数据库获取和显示蛋白序列识别结果软件
VPLG 20150917	可视化的蛋白质-配体相互作用图软件
	以上软件，除特别注明外，均在生物软件DVD光盘1中。