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生物化工  
brd 4.0 生物反应器(发酵罐)设计软件。
BioStat 4.4 BioStat B发酵罐控制程序。
PenSim v2.0 青霉素发酵模拟软件。
SuperPro Designer 8.5b07 评估版 计算机辅助设计特别是生物工艺设计的软件包。
进化分析  
WINIPAUP 1.0 PAUP软件WINDOWS介面软件。
phylip 3.695 进化树分析软件,并可绘制进化树。
TreeView 1.6.6 进化树处理软件。
GeneTree 1.3 比较基因与种系进化树的程序。
NDE 0.5.0 用来编辑NEXUS格式文件的程序。
TreeMap 3.0b 用来可视地比较主、从进化树的程序。
Phyltools 1.32 计算与处理进化树数据的软件。
tree-puzzle 5.2 核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具。
Archaeopteryx 0.9901 JAVA语言编写的显示进化树文件软件。
TREECON 1.3b Demo 构建和绘制进化树的软件包。
COMPONENT 2.0 分析进化树免费软件。
NJplot 2.4 小巧的显示进化树的免费软件NJplot。
MEGA 6.0.6 免费分子进化遗传分析软件
PAUP 4 PAUP的快速使用手册
TreeSAAP 3.2 蛋白序列进化分析软件;
mesquite 2.75 进化分析软件
PAL 1.51 进化分析java程序库;
Vanilla 1.2 使用PAL编写的进化分析命令行程序;
SplitsTree 4.13.1 JAVA程序编写的分析和显示进化数据软件;
TCS 1.21 JAVA程序所写的进化网络分析软件;
GEODIS 2.6 进化分析软件;
RDP 4.46 Beta 重组分析软件
FastME 2.0.7 快速精确的进化树软件;
T-REX 4.01 进化树构建分析软件;
FSTAT 2.9.3.2 基因差异分析软件;
ProfDist 0.9.9 Beta 构建大进化树软件
STC 1.2 新的算法构建进化分析软件,
Phylogenetic Visualization tool 进化树显示工具
PHASE 2.0 序列进化分析软件;
BAMBE 4.01a 分子生物进化分析软件;
jMODELTEST 2.1.7 核苷酸替换DNA进化最优模型分析软件。
ModelPie 1.01 MODELTEST图形操作介面软件
Clann 3.2.3 以色列科学家编写进化树分析软件;
Phylogenetic Independence 2.0 进化独立性分析软件 ;
Jevtrace2 v3.16b JAVA语言写的进化分析软件;
NimbleTree 2.6 建立进化树软件;
Phylogen 1.1 构建进化树软件;
BEAST 2.2.1 贝叶斯进化分析软件
MESA 1.9.23 宏进化分析和模拟软件;
TreeJuxtaposer 2.1 进化树比较分析软件;
TreeExplorer 2.12 进化树绘制显示软件;
TreeMe 07/2008 进化树生成和显示软件;
DNATREE 1.3 DNA序列进化分析软件
Genie 3.0 系谱间隔分析软件
Pebble v1.0 进化分析软件;
ArboDraw 2006 进化树绘图软件
MrBayes 3.2.5 进化树分析软件;
Network 4.613 进化树生成软件;
PhyDE 0.9971 进化数据编辑器;
PRAP 2.0b3 Parsimony ratchet分析软件
PPG 1.2.0 制作系统发育图谱软件。
CopyCat 2.03 联合进化树分析工具.
Dendroscope 3.2.10 大进化树显示软件
TreeGraph 2.4.0-456 beta 进化树图编辑软件
SeqState 1.41 进化DNA数据的引物设计序列统计软件
CDTree 3.1 蛋白序列进化树分析绘图软件。
TreeDyn 198.3 进化树分析动态作图标记软件。
Baobab 3.31 Java语言编写的大进化树编辑软件。
Bosque 2.0 alpha 增加图形化进化分析软件。
DoubleTree 0.7 比较两个系统进化树软件。
figtree 1.4.2 进化树图像显示软件
DensiTree 2.2.1 进化树集定量分析,后验分布显示工具软件
Leaphy 1.0 大相似算法maximum likelihood (ML)分析进化树软件
Phylodendron 0.8d 进化树绘制软件
RASP 3.2 系统发育祖先性状重构软件。
图像处理  
Image Tool 3.0 科学用途的处理图像软件。
ImageJ 1.48 用Java语言写成的科学用途的处理图像软件。
Fiji 20141125 ImageJ软件的改装版
Cross Checker 2.91 基因指纹图分析软件。
ALFmap 1.22 ALF (Amersham Pharmacia) 图像格式转换软件。
Melanie Viewer 7.0 免费Melanie图像查看器。
TotalLab Quant 12 评估版 图像分析软件。
QuantiScan 3.0 Demo 使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件。
Engauge Digitizer 5.2 图形数字化软件。可以将曲线图转化为数据与等式。
Graph Digitizer version 2.16 图形数字化软件。
Peak Explorer 2.11 处理试验图谱图像软件。
Volocity Demo 6.3 免费显微图像处理软件。
GetData 2.26 图像数字化处理软件。
Bersoft Image Measurement 8.47 图像数字化处理软件。
DigitizeIt 2.0 图像数字化处理软件。
CellC v1.2 微生物显微图像处理软件。
Grid cell counter 0.9.9.8 免费细胞图像分割计数软件
BioImageXD 1.0 免费生物医学图像处理。
CoPlot 6.4 科学图像处理软件
CP ATLAS 2.0 薄板与凝胶图像处理软件
Gel Analyzer 2010a 1D凝胶图像分析处理软件。
TMAJ 3.4.0 开源的组织微阵列(Tissue MicroArrays)显微图片分析处理软件
GelQuest 3.1.7 分析DNA指纹图谱软件
TinyQuant v1.55 小巧的凝胶图像分析软件
Vaa3D 2.92 三维图像分析处理软件
AxonTracker 1.0 三维图像处理软件
OMERO 5.1.1 生物显微软件显示、管理、分析客户端-服务器软件
Bio-Formats 5.1.1 生命科学图像文件各种格式化读取和生成Java程序库
VisBio 3.40rc1 生物多维图像分析显示软件
EMAN 2.1 透射电子显微镜图像处理软件
化学应用  
mmcalc 1.8 分子量计算器。
periodic table 1.1 小巧的元素周期表。
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CFT 1.3 化学式教师。
Model ChemLab v2.5.1 化学实验教育软件及其汉化版
Molecular Weight Calculator 6.50 免费的分子量计算器。
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WinIAP 计算离子活度与方解石饱和指数软件 。
SimChemistry 2.2 化学教学和实验的分子动态模拟软件。
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序列比对综合分析  
Geneious 8.0.3 序列综合分析软件;
MACAW 2.05 多序列构建与分析软件。
Clustal W 2.1 用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件。
Clustal X 2.1 Clustal W Windows界面程序。
FASTA 36.3.6f 数据库中查找同源序列软件。
BLAST+ 2.2.28 数据库中查找类似序列的软件及客户端软件。
SeqPup 0.9 生物分子序列编辑与分析软件。
K-Estimator 6.1v 进化基因学研究软件,评估两条核酸序列核苷酸替代数。
BioEdit 7.2.1 序列编辑器与分析工具软件。
DAMBE 5.3.48 综合性序列工具软件。
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Genamics Expression 1.1 演示版 是一个DNA与蛋白序列分析工具。
Vector NTI Viewer 4.0.1 载体查看软件。
Jellyfish 3.3.1 多功能序列分析软件。
ProSeq 3.5 核酸序列编辑与种群遗传学分析软件。
SMS 2 DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合。
Staden 2.0.0b9 综合序列装配、编辑、分析软件包。
ISYS v1.35 NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台。
PhyloGrapher(2003.4.3) 用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件。
Vector NTI Advance 11.5.2 Demo 综合性蛋白核酸分析工具包。
SeWeR 3.0 基于WEB的常用序列分析工具集。
WinBlast v.0.2.0 免费的NCBI BLAST程序windows界面程序。
SeqVISTA 1.81 java语言编写的核酸或蛋白序列图像显示、比较软件
GENOME EXPLORER 1.0b Java语言编写的生物信息学综合工具软件
PowerBlast 1.2.0 序列比较分析软件Blast的扩展软件
JAligner 1.0 基于Smith-Waterman算法的序列比对软件
DNAMAN 8.0 Demo 多功能综合序列分析软件演示版
CLC Sequence Viewer 7.5 免费的生物信息学综合软件。
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Lalnview 3.0 双序列比对图形显示软件;
NeoBio 1.0 pre-alpha 序列比对java软件;
STRAP 20140609版 多序列比对交互软件。
Mauve 2.3.1 基因组比对软件;
Laj 070222 用来处理、显示比对结果的软件;
YASS v1.14 本地序列比对工具软件
Utopia 1.4.5 包括三维显示软件Ambrosia和比对结果显示软件cinema的软件;
MolQuest trial 2.4.5 生物信息学工具软件包;
GENtle 1.9.4 免费的DNA和蛋白序列编辑管理软件
Align-m v2.3 多序列比对软件
QAlign 2.10 多序列比对与编辑软件
seqtools v. 8.4.071 核酸蛋白序列编辑分析软件。
CGViz 1.3.5 生物分子数据查看软件
BioSeqAnalyzer 1.0 demo 简单生物序列分析工具
Topali 2.5 多序列比对统计和进化分析软件。
IGV 2.3.40 显示分析多种类型的遗传数据软件
EMBOSS 6.6.0 开放源代码的序列分析软件包
Biskit 2.4.0 结构生物信息学Python平台。
geWorkbench 2.5.1 JAVA语言开发的生物信息学工作平台软件。
SnS-Align 简单的结构和序列比对软件
UGENE 1.15 综合生物信息学工具软件
CHROMA 1.0 多序列比对注释软件
Recco 0.93 重组和突变相关比对分析软件
bioxm 2.6 用于DNA序列资料的常规分析软件
SEQWAN 2.0 序列分析工具blast+ 、muscle和blat图形界面程序
Sequlator 2013 免费多序列比对编辑器
ngKLAST 2.5 BLAST 工具软件
Chipster 3.6 高通量生物数据分析软件
数据处理  
GraphPad PRISM 6.0 Demo 著名的数据处理软件。免费的Prism 文件浏览器Free Prism Viewer 4.01。
CurveExpert Pro 2.2.0 实验数据处理绘图软件。
DRS 2011 依据"最小三乘法"编制的数据回归分析软件。
TDMA 1.03 二剂量法生物效价测定软件
LD50 1.01 LD50数据处理程序
biostat 5.3.0 生物医学统计学软件
CoStat 6.4 科学统计软件
caBIG VISDA 1.0 数据聚类建模显示统计分析软件
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RReportGenerator 1.3.3 使用R语言的生物信息学常规统计分析软件
杂七杂八  
DynaFit 4.06.007 (生物)化学动力学与化学平衡计算程序。
Migrate-N 3.6.4 从遗传学角度,估算人口移民率程序。
arlequin 3.5.1.3 人口遗传学软件
FBAT 2.0.4 家族遗传相联检验的统计程序。
GGT 2.0 2010 图形化基因型表示软件。
CERVUS 3.0.7 使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件。
SBW 2.11.0 系统生物学软件包。
Gepasi 3.30 化学与生物化学反应动力学仿真与优化软件。
FCSM 用来管理储存在液氮容器中的生物样品(例如细胞系、血清等等)的程序。
MICE 1.4 虚拟动物饲养设施,用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件。
DbSolve Optimum r34 代谢及酶-受体结合模拟软件。
boxit 2007 DEMO 管理生物样品的数据库系统。
GRR 1.2.1.41 检测系谱误差(pedigree errors)的应用软件。
AceDB 4.9u 基因组数据库软件。
MAPL98、DIAL98与GEST98 日本学者编制的几个统计基因学(Statistical Genetics )软件。
PED 6.0.2 系谱(Pedigree)绘制软件。
PEDRAW 2.5 系谱(Pedigree)绘制软件。
MassXpert 3.4.0 帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件。
WinMDI ver 2.9 分析流式细胞仪数据文件的免费软件 。
TestDNA 根据已知成份值生成细胞周期FCS文件的免费工具软件。
Flow Cytometer Simulator 流式细胞仪模拟软件
FCS File Mixer和FCS File Sanitizer 两个流式细胞仪相关免费软件。
生物五笔2002f 生物医学专业输入法 。
MapDraw 2.1 遗传连锁图绘制软件。
E-Cell 4.0.0 a1 对生物细胞等大型复杂系统进行建模,模拟和分析软件。
生物医学计算器(BioMedCalc)2.9 用于生物医学计算的生物信息学专业软件。
WEASEL 3.2.1 JAVA语言写的流式细胞分析软件。
REtools 5.0-101 实验室限制酶管理软件。
PEDIGREE VIEWER 6.5b 制遗传图谱软件 ;
ezFreezer 1.4.8 Demo 冷冻管管理软件 。
FCSExpress 5.00.0068 Demo 流式细胞仪数据分析软件。
BioDownloader 2.2.1.0 生物下载器
Cytoscape 3.2.0 java语言编写的显示生物分子交互作用网络的生物信息学软件;
Taverna 2.5 在生物信息学研究中使用工作流和分布计算技术工具软件
APP 2.29 免费的免费的途径绘制显示软件
EPE 3.0a13 注释、显示各种生物网络、途径的软件
MetaPAT 07.02版 代谢途径比对软件
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Labmatica 2.2.3 RC1 免费实验室信息管理系统
Flow Explorer 4.2 流式细胞仪数据分析软件
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cytowin 4.31 流式细胞软件
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ListMath 2.1 流式细胞数据结果数学分析软件
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Mendel v14.3 定性与定量性状遗传统计分析软件
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