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RNA分析类

RNA draw 1.1 b2	RNA draw 1.1b2 RNA二级结构分析软件。
RNAstructure 5.7	Unix平台软件mfold的java版本。
RnaViz 2.0	界面友好的RNA二级结构图绘制程序。可生成发表质量的二级结构图，可显示一些特殊结构。
loopDloop 2.07b	Java语言写成的绘制RNA二级结构的软件，需要安装JAVA虚拟机。
Circles 0.1.1	使用比较的方法分析RNA二级结构软件，并以标准格式输出预测的二级结构。
SStructView 1.2	用JAVA脚本语言写成的RNA二级结构显示软件。
Vienna RNA Package 2.1.9	维也纳大学RNA二级结构预测与比较软件包。
XRNA 1.2.0b	基于java的生成、显示、注释RNA二级结构的软件，可很容易地编辑、修改、生成发表质量的RNA二级结构图。
PseudoViewer 3.0	RNA二级结构显示软件。
OligoEngine 2.0	RNAi设计软件。
pknotsRG 1.3	预测RNA二级结构软件，包括pseudoknots（假扭结）结构。
RNAshapes 2.1.6	分析RNA二级结构软件。
miRanda 201008	查找基因组中潜在的RNA位点软件。软件运行需要安装JAVA运行环境。
RNAz 2.1	预测结构保守热稳定RNA结构，可用于基因组中筛查功能RNA结构等等。
RnaFamily	java编写的用于显示一个RNA分子族的所有二级结构小软件。
RNApasta 1.01	Java语言所写的比对和结构注释RNA序列统计分析工具。
RnaDv 1_0	RNA二级结构显示软件
Assemble2 1.2	构建和研究RNA结构的图形软件
VARNA 3-93	RNA二级结构显示插件
nocoRNAc 1.23	非编码RNA鉴定软件
RnallViewer 1.0.1	RNA分析显示软件
	以上软件，除特别注明外，均在生物软件DVD光盘1中。
在线工具
siDirect 2.0	siRNA在线设计软件。
tRNAscan-SE 1.21	在基因组数据中寻找tRNA基因的在线工具。