生物芯片 |
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| ScanAlyze
2.51 |
进行微阵列荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 |
| TreeView
1.60 |
用图形来显示Cluster软件分析的结果，用来发表。 |
| ArrayMaker 2.6 |
美国stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档。 |
| J-Express
pro 2012 |
是一个用JAVA语言写的应用程序，用来分析微阵列（microarray）实验获得的基因表达数据。 |
| MAExplorer
Version 0.96.34.01 |
是一个基于JAVA程序的微阵列数据库数据采集软件，用来帮助发现和癌症、疾病相关的调节基因，可进行各种微阵列数据分析工作，直接链接到网上的各种基因组数据库。 |
| FreeView和FreeOView |
基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 |
| dchip
2010.01 |
DNA芯片分析软件。 |
| SAM 4.01 |
Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微阵列显著性分析软件，EXCEL软件的插件，Stanford大学编制。 |
| BRB-ArrayTools
4.5.0 b1 |
显示和统计分析DNA微阵列基因表达数据软件包。 |
| AMIADA
2.0.7 |
是Analysis of Microarray Data的缩写，是一个集成软件，用来组织、研究、显示、分析微阵列(Microarray)数据。 |
| GalFileGenerator v1.2 |
数据转换软件，将96孔板文件转换为384孔板文件，将384孔板文件转换为GAL文件。 |
| cluster
3.0 20141007 |
日本学者编写的cluster软件的增强版，增加了K-Means算法，以寻找最佳聚类结果。 |
| GenePattern
3.9.4 |
MIT学者用JAVA语言编写的表达分析高级生物医学分析软件平台。 |
| GenMAPP-CS 0.2 |
将基因表达微阵列数据进行分析并图形化显示软件。 |
| MADAM
v4.1 |
MicroArray DAta Manager的缩写，微阵列数据管理器，用来将数据输入为交互数据库格式，并对数据进行管理。 |
| Spotfinder
v3.2.1 |
快速分析微阵列图像工具软件，定量化基因表达结果并输出为TAV格式、EXCEL格式或数据库格式。 |
| MIDAS
2.22 |
微阵列数据分析系统，Microarray Data Analysis System的缩写，对各种微阵列数据进行标准格式转换，输出格式为TAV格式。 |
| MeV 4.9 |
MultiExperiment Viewer的缩写， 通用微阵列分析工具，运用各种算法对格式化好的微阵列数据进行聚类、统计、显示、分析。 |
| Java
Treeview 1.1.6r4 |
一个开放源代码的微阵列数据显示软件。Java语言写成。 |
| EXPANDER
7.0 |
(EXpression Analyzer and DisplayER)的缩写。基因表达与显示软件包。用JAVA语言写成，可对微阵列数据进行聚类分析、显示及处理。 |
| OligoArray
2.1.3 |
用于基因组规模微阵列的寡核苷酸探针设计软件。 |
| BAGEL 4.1.1 |
Bayesian Analysis of Gene Expression Levels的缩写，微阵列数据统计分析软件。 |
| CAGED 1.1 |
是Cluster Analysis of Gene Expression Dynamics的缩写，基因表达数据分析软件。 |
| GAAS 1.0.0.1 |
是Gene Array Analyzer Software的缩写，大规模基因表达数据分析、显示与储存软件。 |
| NIA Array Analysis Tool 2.0 |
微阵列基因表达数据统计软件。 |
| 数个芯片数据分析小程序 |
standford大学一位教授写的数个芯片数据分析小程序。包括AACK : Add Annotation；CCACK : Constant Cutoff Analysis；FLICK : File Linker；FRICK : Filter/Retrieve IDs；GACK : Genomotyping Analysis；GODACK : Good Data；HIMACK : Histogram Maker；LACK : Lexical Analysis；ALACK: Automated LACK；NACK : Name Averaging；REDUCK : Remove Duplicates；Samster : SAM to Cluster；COP : Competition Plotter；LD50 Calculators；DRACK : Differential Restriction Analysis；FOCK : Frequency of Oligos；LOCK : Locater of Oligos；Motif Search，还包括源程序。 |
| UCSF Spot 2.1 |
另一个微阵列扫描图像分析软件。 |
| ArrayMiner 5.3简易版 |
微阵列数据分析软件的简易版，使用有限制。 |
| Venn Mapper 1.01 |
比较非同源微阵列数据软件。 |
| MAIA 2.75 Demo |
微阵列图像分析软件。 |
| MAGIC Tool 2.1 |
微阵列数据图像分析软件。 |
| Array Tools 3.3 |
微阵列数据处理excel插件 |
| GENOM 2005 3.42 |
分析微阵列实验数据软件。 |
| Mayday 2.14 |
显示、分析、储存微阵列数据的软件平台 |
| ChipInspector 2.1 |
芯片微阵列数据分析软件 |
| OligoWiz 2.3.0 |
DNA微阵列寡核苷酸设计的客户端软件 |
| ENIGMA 1.1 |
从扰动微阵列数据分析基因表达模块软件。JAVA语言写成，运行需要java环境。 |
| PermutMatrix 1.9.3 |
基因表达微阵列数据分析软件。 |
| KegArray 1.2.4 |
微阵列数据分析软件。 |
| Correlate 1.03 |
Excel插件，用来进行两组基因组数据组稀疏典型相关性统计分析。 |
| Picky 2.20 demo |
Oligo Microarray设计和分析软件。 |
| ParaSAM |
并行微阵列数据显著性分析软件。 |
| VIZARD 1.2 |
分析和显示Affymetrix基因芯片数据软件 。 |
| COCAS V2.4 |
染色质免疫沉淀基因芯片分析ChIP-on-chip软件包 。 |
| ArrayCluster 1.0 |
微阵列基因表达数据分析软件 |
| GProcesser 3.0 |
GenePix 数据分析软件 |
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以上软件，除特别注明外，均在生物软件DVD光盘1中。 |
