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生物芯片

ScanAlyze 2.51	进行微阵列荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
TreeView 1.60	用图形来显示Cluster软件分析的结果，用来发表。
ArrayMaker 2.6	美国stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档。
J-Express pro 2012	是一个用JAVA语言写的应用程序，用来分析微阵列（microarray）实验获得的基因表达数据。
MAExplorer Version 0.96.34.01	是一个基于JAVA程序的微阵列数据库数据采集软件，用来帮助发现和癌症、疾病相关的调节基因，可进行各种微阵列数据分析工作，直接链接到网上的各种基因组数据库。
FreeView和FreeOView	基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。
dchip 2010.01	DNA芯片分析软件。
SAM 4.01	Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微阵列显著性分析软件，EXCEL软件的插件，Stanford大学编制。
BRB-ArrayTools 4.5.0 b1	显示和统计分析DNA微阵列基因表达数据软件包。
AMIADA 2.0.7	是Analysis of Microarray Data的缩写，是一个集成软件，用来组织、研究、显示、分析微阵列(Microarray)数据。
GalFileGenerator v1.2	数据转换软件，将96孔板文件转换为384孔板文件，将384孔板文件转换为GAL文件。
cluster 3.0 20141007	日本学者编写的cluster软件的增强版，增加了K-Means算法，以寻找最佳聚类结果。
GenePattern 3.9.4	MIT学者用JAVA语言编写的表达分析高级生物医学分析软件平台。
GenMAPP-CS 0.2	将基因表达微阵列数据进行分析并图形化显示软件。
MADAM v4.1	MicroArray DAta Manager的缩写，微阵列数据管理器，用来将数据输入为交互数据库格式，并对数据进行管理。
Spotfinder v3.2.1	快速分析微阵列图像工具软件，定量化基因表达结果并输出为TAV格式、EXCEL格式或数据库格式。
MIDAS 2.22	微阵列数据分析系统，Microarray Data Analysis System的缩写，对各种微阵列数据进行标准格式转换，输出格式为TAV格式。
MeV 4.9	MultiExperiment Viewer的缩写，通用微阵列分析工具，运用各种算法对格式化好的微阵列数据进行聚类、统计、显示、分析。
Java Treeview 1.1.6r4	一个开放源代码的微阵列数据显示软件。Java语言写成。
EXPANDER 7.0	(EXpression Analyzer and DisplayER)的缩写。基因表达与显示软件包。用JAVA语言写成，可对微阵列数据进行聚类分析、显示及处理。
OligoArray 2.1.3	用于基因组规模微阵列的寡核苷酸探针设计软件。
BAGEL 4.1.1	Bayesian Analysis of Gene Expression Levels的缩写，微阵列数据统计分析软件。
CAGED 1.1	是Cluster Analysis of Gene Expression Dynamics的缩写，基因表达数据分析软件。
GAAS 1.0.0.1	是Gene Array Analyzer Software的缩写，大规模基因表达数据分析、显示与储存软件。
NIA Array Analysis Tool 2.0	微阵列基因表达数据统计软件。
数个芯片数据分析小程序	standford大学一位教授写的数个芯片数据分析小程序。包括AACK : Add Annotation；CCACK : Constant Cutoff Analysis；FLICK : File Linker；FRICK : Filter/Retrieve IDs；GACK : Genomotyping Analysis；GODACK : Good Data；HIMACK : Histogram Maker；LACK : Lexical Analysis；ALACK: Automated LACK；NACK : Name Averaging；REDUCK : Remove Duplicates；Samster : SAM to Cluster；COP : Competition Plotter；LD50 Calculators；DRACK : Differential Restriction Analysis；FOCK : Frequency of Oligos；LOCK : Locater of Oligos；Motif Search，还包括源程序。
UCSF Spot 2.1	另一个微阵列扫描图像分析软件。
ArrayMiner 5.3简易版	微阵列数据分析软件的简易版，使用有限制。
Venn Mapper 1.01	比较非同源微阵列数据软件。
MAIA 2.75 Demo	微阵列图像分析软件。
MAGIC Tool 2.1	微阵列数据图像分析软件。
Array Tools 3.3	微阵列数据处理excel插件
GENOM 2005 3.42	分析微阵列实验数据软件。
Mayday 2.14	显示、分析、储存微阵列数据的软件平台
ChipInspector 2.1	芯片微阵列数据分析软件
OligoWiz 2.3.0	DNA微阵列寡核苷酸设计的客户端软件
ENIGMA 1.1	从扰动微阵列数据分析基因表达模块软件。JAVA语言写成，运行需要java环境。
PermutMatrix 1.9.3	基因表达微阵列数据分析软件。
KegArray 1.2.4	微阵列数据分析软件。
Correlate 1.03	Excel插件，用来进行两组基因组数据组稀疏典型相关性统计分析。
Picky 2.20 demo	Oligo Microarray设计和分析软件。
ParaSAM	并行微阵列数据显著性分析软件。
VIZARD 1.2	分析和显示Affymetrix基因芯片数据软件。
COCAS V2.4	染色质免疫沉淀基因芯片分析ChIP-on-chip软件包。
ArrayCluster 1.0	微阵列基因表达数据分析软件
GProcesser 3.0	GenePix 数据分析软件
	以上软件，除特别注明外，均在生物软件DVD光盘1中。