引物显示工具

引物显示工具输入一个DNA序列及一系列引物序列,以文本图像格式输出引物的退火位置。可以在指定的读框中显示DNA序列的翻译序列,还可以选择文本图像格式的每行输出的碱基数以及以单链还是双链显示DNA序列。输入的引物序列可含有“外卡”碱基,也就是说引物显示工具允许处理退化引物。 使用这个程序可产生一个有用的参考图表, 特别是当你为一个特定模板设计了大量引物时,非常有用。

将原始序列或FASTA格式的序列拷贝到以下区域中

将特征序列模式以5'端至3'端方向输入以下区域。一个例子:/ac[gt]agcct/ (My pattern's name)。两个双斜线表示特征序列边界,园括号内为特征序列名称,方括号内为退化位点可能的碱基。可以输入多个特征序列,并以逗号分隔。引物显示工具自动构建每个引物的反补序列并与反链配对。不正确输入特征序列可能导致错误。

  • 每行显示 个碱基。
  • 显示翻译序列
  • 显示DNA序列.

输入遗传密码表达式。缺省的表达式为标准遗传密码表达式。斜线标出对应的特征序列的边界,等号与字母确定特征序列代表的氨基酸。方括号表示在一个位置可能的碱基,竖线分开的两个特征序列代表了同样的氨基酸。除了最后一个表达式,每个表达式后有一个逗号。

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