CpG岛工具用来查找一条DNA序列中CpG岛，使用Gardiner-Garden and Frommer (1987)描述的方法。用一个200bp的窗口移过序列，每次移一个碱基对，进行计算。 CpG岛定义为Y值大于0.6并且GC含量大于50%的200bp序列区域。只有符合以上标准，才输入结果。CpG岛经常在脊椎动物基因的5'区域发现，因此，这个程序可用来在基因组序列中查找潜在的基因。
将原始序列或FASTA格式的序列拷贝到以下区域中 >sample sequence taacatacttattgtttttaactactcgttttccattcgactcatcacgctccccccccccccccccccccttatccgttccgttcgacgtatttcgttgtctaatttctgacgtaacttgttccctgttaagtaccgtttatggcctatactccggtatttaaaacgacgacgattccaccgtaaagccgtcaaccagatgaacgacctcgctcgttatatttttccggcaaaatccctatttccgattcgcttagtgctaccgacgctatatcgttccgcaattcctcgagatcatcgatttcttctccggcgacgtctcaagtttttccgttacaacgcgatctatcctgtaaattcgaccgcgctcattctcacgttttatacattgcgcagttgattacgctaaataatccgctgactgttaccttccctgttagattcgcgcattataaactacttactttaacaaacgattttcacagtttaatttctgcgatgacgtctaactcttcagttttaaccgataacaaccttctcgacacttcgtttcttataccatcctcgttatccatacccattcttaaatttctcactactattctctttacaaccacattagctctaatcttacatctaatttctatacataaaatgctccttctgctgtatgtttctctttctcataattacatttttaattactaaatccctcatccctcccacccatctattccaccatcaaggttatacaccatgtattactgtaaaacccactaatattaattgtcaccgatattaaacgaaattcattcacacaaatttcattaattaccttttcttattaattgcatatgtactctacatatactcaaccaactaaaaatcgatattttacatttgatttctaatgtaccccacaactttcttgctttatgattgaacttagctttataataatagttatttaccctaacgcatatactcttatccttatatgaaccttgcttatttgttagatttatccaatctaaaccacagataatatcccttctcttacttcattttattatcaccattttcacttcttcctagatatatacaattatataactctattaccacattttcccttaactttctgttctgcactattatatttactctttttctaaaaccttcttaactttttcagatgca